Исторические хроники свидетельствуют, что первыми обитателями острова были финикийцы, в 1360 г. до н.э. здесь появились легеды с ионийского острова Кефаллония. В древние времена Самос был процветающим островом, особенно во времена правления тирана Поликрата (6-й век до н.э.), с именем которого связывают создание настоящих архитектурных шедевров и чудес инженерной мысли – таких, как Герайон и туннель Эвпалина. Именно во времена правления Поликрата остров расцвёл и достиг небывалого могущества, приобрёл собственные колонии и создал собственный флот. Подобное значение Самоса не устраивало персов, которым удалось заманить Поликрата в ловушку и убить.
       После его смерти остров находился под управлением персов вплоть до поражения персидского флота в битве при Саламине. С этого момента афиняне включили Самос в состав Делосского союза и установили здесь демократический строй. Затем остров попал под власть Македонии и позднее – Рима (III-II вв. до н.э.). В этот период Самос занимал особое положение, а все его жители считались гражданами Рима, что подчёркивало их особый статус и привилегии. Византийский период был ознаменован строительством христианских сооружений, хотя постоянно подвергался вторжениям готов и пиратов. В 1204 г. Самос захватили франки, а после падения Константинополя – турки. В 1475 г. остров был разрушен мощным землетрясением и опустел. Начиная с 1550 г. н.э. Самос стал развиваться и снова процветать. Остров получил много привилегий от Турции, что позволило возвратиться на Самос потомкам местных жителей, проживавших в то время в различных уголках Греции.
       В 1821 г., когда греческий народ восстал против турецкого ига, самоссцам под предводительством Ликурга Логофетиса и капитана Стаматиса удалось изгнать турок с острова и не допустить их возвращения. Тем не менее, несмотря на этот успех, знаменитый Лондонский протокол, подписанный в 1830 г. с целью освобождения Греции от турецкого ига, оставил остров Самос под управлением Турции, хотя и с особым статусом автономного региона Греции (султан назначал регента-христианина). Вот такие исторические казусы случаются тогда, когда чужие территории становятся разменной монетой в решении геополитических интересов определённых государств. Только в 1913 году Самос полноправно вошёл в состав Греции, после того как в 1912 г. Фемистокл Софулис высадился на острове во главе добровольцев и, соединившись с местными повстанцами, окончательно изгнал турок с Самоса.
       В соответствии с многочисленными мифами остров Самос считается домом бога морей Посейдона и бога виноделия Дионисия. Кроме того, мистическая традиция связывает этот остров с богиней плодородия и рождения детей – Герой. Именно этой богине посвящён знаменитый Герайон (храм Геры), который находится рядом с деревней Ирэон на расстоянии 6 км к западу от Пифагорио. Это святилище в честь богини Геры, по преданию родившейся на этом месте. В VI-м в. до н.э. здесь был построен уникальный по величию, размерам и великолепию храм, для которого выбрали особое место, связанное с культом Геры начиная со 2-го тысячелетия до н.э. До наших дней сохранилась Священная дорога (в древности связывала храм с Пифагорио), несколько статуй, постаменты огромных колонн и разбросанные по всему периметру остатки древних культовых сооружений.
       Недалеко от Пифагорио, на склоне горы, расположен знаменитый туннель Эвпалина, который в древности считался 8-м чудом света. Построен он в 550 г. до н.э. и назван по имени его создателя – архитектора и инженера Эвпалина. Туннель поражает всех, кто осмеливается спуститься по узкому проходу, чтобы увидеть это чудо инженерной мысли. Длина туннеля более 1 км, высота 1 м 80 см. Для его строительства потребовалось переработать 7000 кубометров скальной породы на расстоянии 180 м от её вершины. Для этого потребовалось 10 лет. Трудно представить, что всё это было построено с использованием простейших орудий труда – молотка и стамески. Кроме того, стены туннеля укреплены плотно подогнанными друг к другу прямоугольными камнями, а верх скреплён арочными перекрытиями из тех же камней. Вода проходила по терракотовым трубам, проложенным ниже уровня дна туннеля в отдельной секции, закрытой в наши дни решёткой (в целях безопасности). Найденный туннель является частью большого акведука, созданного в целях обеспечения водой жителей городов Самос и Пифагорио. Для посетителей открыта лишь одна его часть, прекрасно сохранившаяся, её посещение допустимо нормами безопасности. Ничего подобного не сохранилось ни в одной другой части Греции, ни в любой другой средиземноморской стране.
       Исторические исследования свидетельствуют, что именно Самос являлся опорным пунктом войск Антония и Клеопатры, где они вместе проводили большое количество времени. Это утверждение выглядит логичным и закономерным, т.к. на противоположном берегу на территории Малой Азии расположен Эфес – древний город, куда прибыла Клеопатра и где Марк Антоний встречал свою царицу. Там даже сохранилась лестница, поднявшись на вершину которой можно представить огромную процессию, растянувшуюся до самого моря. Часть этой дороги, идущей в сторону моря, также сохранилась.